Tehnologia de ultrafiltrare poate fi utilizată pentru separarea și purificarea medicamentelor, îndepărtarea pirogenului și sterilizarea, în special în separarea și extracția antibioticelor și vitaminelor. Unii savanți au propus o metodă de ultrafiltrare/extracție care rezolvă în mod fundamental problema emulsionării în extracția antibioticelor, îmbunătățind randamentul extracției și calitatea produsului.
În prezent, adsorbția de cărbune activ este folosită în mod obișnuit pentru a elimina pirogenii în timpul preparării injecțiilor cu ginsenozidă. Această metodă are dezavantaje, cum ar fi pierderea semnificativă a saponinelor totale și costuri mari de producție. Ultrafiltrarea, pe de altă parte, îndepărtează eficient pirogenii în timpul preparării injecțiilor cu ginsenozide, reducând în același timp și pierderea de ginsenozide totale. Este simplu, de încredere și eficient. Tehnologia de ultrafiltrare a fost, de asemenea, utilizată pentru a elimina endotoxinele bacteriene generate în timpul producției de vaccin antirabic, rezultând mai puține pierderi de antigen și îmbogățire a probei, îndeplinind astfel cerințele pentru producerea vaccinului.